造血干细胞移植会暂时地抑制或削弱病人的免疫功能，延缓机体对感染作出的反应。这意味着病人在移植后发生感染的风险较高。可能的感染症状包括发热、全身不适、恶心、呕吐、腹泻、流鼻涕、咽痛、持续性咳嗽等。

接受造血干细胞移植后，病人血液中的中性粒细胞的数量可能会不足。中性粒细胞能对抗感染，尤其是细菌和真菌引起的感染。如果病人的中性粒细胞计数偏低，说明存在中性粒细胞减少。中性粒细胞计数越低，越容易发生感染。

因此，移植后，医生会定期检查病人外周血的中性粒细胞计数。如果患者的中性粒细胞减少，需要采取措施来预防感染。

造血干细胞移植前的预处理治疗会造成体内的血小板数量减少，血小板有帮助凝血的作用。在植入的干细胞开始生成新的血小板之前，病人发生出血的风险较高。移植后的干细胞生成新的血小板通常需要几周的时间。在此之前，病人可能很容易出现瘀青，也容易发生鼻出血和牙龈出血。因此医生会通过血液检查来密切监测病人的血小板计数。如果血小板计数过低，可能需要输注血小板。

移植物抗宿主病（GVHD）由供者干细胞在构建新的免疫系统时将病人自身的组织和器官当作外来物加以攻击引起。

GVHD可发生在移植后的任何时间，但在骨髓开始产生健康细胞后更常见。许多接受异基因造血干细胞移植的患者会在某一阶段出现GVHD。如果是无关供者移植，则发生GVHD的风险则会更高。但任何接受异基因干细胞移植的患者都有可能发生GVHD。

GVHD分两种类型：急性和慢性。急性GVHD往往出现较早，通常发生在移植后的最初几个月。它通常累及皮肤、消化道或肝脏。慢性GVHD一般出现较晚，可累及多个器官。

造血干细胞移植通常能成功恢复机体的正常造血功能。但即使已接受造血干细胞移植，疾病也有可能复发。为确保疾病没有复发，病人需要在移植后经常复诊。

造血干细胞移植后，病人有时会出现肝、肾、肺、骨髓和心脏损伤。这些问题可由化疗、放疗或感染引起。医生会在移植后密切监测病人的器官功能，以迅速发现和治疗出现的问题。如果出现器官损伤的并发症，可能需要住院或接受其他治疗。